Um forte terremoto devastou a ilha principal do Japão e destruiu grande parte de Tóquio, afundando ¾ dela no oceano. Dez anos depois, a história começa com Igarashi Ganta, um estudante aparentemente normal e modesto frequentando a escola municipal de ensino fundamental em Nagano. Como fugitivo, sobrevivente do grande terremoto, Ganta não tem memórias da tragédia e tem vivido de maneira simples e comum. Isso tudo muda um dia quando um estranho homem coberto por sangue e uma armadura carmesim aparece flutuando do lado de fora das janelas de sua classe. Sorrindo loucamente, o Homem Vermelho massacra a classe toda de Ganta e ao invés de matá-lo, ele implanta um cristal vermelho em seu peito. Poucos dias após o massacre, Ganta é declarado o único suspeito, seguido de um rápido e suspeito julgamento, ele é sentenciado à morte e aprisionado na Deadman Wonderland, uma prisão gigantesca mostrada como parque de diversões.